Organik tarım sertifikası maliyeti, üretimin kapsamına, üretim alanının büyüklüğüne, üretilecek ürünlerin çeşidine ve sertifikasyon kuruluşunun fiyatlandırma politikalarına göre değişiklik gösterir. Genel olarak, maliyetler başvuru ücreti, denetim ve analiz ücretleri ile yıllık sertifikalandırma ücretlerini kapsar. Küçük üreticiler veya küçük ölçekli çiftlikler için maliyetler daha düşük olabilirken, büyük ölçekli ve çeşitli ürünleri kapsayan üretimlerde maliyetler artabilir. Organik tarımı teşvik eden devlet destekleri veya hibeler, sertifikasyon maliyetini karşılamada yardımcı olabilir.