Organik tarım sertifikası alma süresi, üretim sürecinin organik standartlara uyum durumuna, üretim alanının büyüklüğüne ve üretilecek ürün çeşidine bağlı olarak değişir. Genellikle, konvansiyonel tarımdan organik tarıma geçiş süreci tarla bitkileri için 2 yıl, çok yıllık bitkiler ve meyve bahçeleri için ise 3 yıl sürer. Bu geçiş sürecinde üretici, organik standartlara uygun üretim yapmalı ve yetkili sertifikasyon kuruluşunun düzenli denetimlerinden geçmelidir. Geçiş süreci tamamlandıktan ve tüm denetimlerde uygunluk sağlandıktan sonra sertifika verilir. Eğer tarla zaten uzun süredir kimyasal kullanılmadan işleniyorsa, bu süre kısalabilir; ancak yine de sertifikasyon kuruluşu tarafından yapılan inceleme ve analizler belirleyici olur.